El órgano de estilo barroco, se encuentra situado en la tribuna baja del coro.
Según los datos publicados por Jesús Ángel de la Lama en su libro El órgano en Valladolid y su provincia, el órgano fue construido en 1794 por Francisco Fernández, pertenece a la escuela castellana.
En el arca de viento del secreto de bajos, lugar tradicional en el que los organeros dejan constancia de su autoría, existe la siguiente inscripción:
Esta obra la hizo D. Francisco Fernández, Maestro organero, para onra de Dios y su Santísima Madre, siendo cura el Sr. D. Francisco Borja Casasola. Se hizo en Valladolid en el año de 1794, y para bien sea.
Realizado con materiales de buena calidad, está bien conservado , a pesar de las restauraciones que ha sufrido a lo largo de los años.
